嘉庆十年闰六月，因阮承信过世之故，阮元只得依从礼制，主动上疏请辞了浙江巡抚。嘉庆也很快发下上谕，准阮元归家守制，并补任清安泰做了新的浙江巡抚。这半个月时间，阮元也将浙江抚院事务逐渐与清安泰交接完毕。七月初三日，阮元终于将父亲棺木，家中行装清点完毕，踏上了返乡守制之路。
这日清晨，阮元便即收拾了行装，准备在武林门外登船北返，可阮家马车方到了武林门，阮元下得车来，竟也吃了一惊。只见武林门内外，这时竟密密麻麻的站着无数百姓，前后各约数里，这样粗略算来，也有将近万余人来这里为自己送行了。随着阮家车马家什渐渐临近码头，武林门外迎送人群中，也很快走了出几个人来，仔细看去，乃是张鉴、许宗彦夫妇和吴康成，阮元见了这许多故人，一时又惊又喜，也不知说些什么为好。
这时还是张鉴热心，主动对阮元道：“老师，您家中之事，学生们都清楚了，老师便只管安心归家便好，有学生和积卿在诂经精舍，这里便能够支持得下去，我们都愿意各自出些家产，以酬精舍中主讲之人，以后只要主讲之人不绝，这诂经精舍之名，也定当传承下去！”
“春冶，我……”阮元也清楚张鉴家世，虽说尚属宽裕，可要他来维持诂经精舍运转，只怕过不了一两年，便要陷入拮据之境。但这时自己即将归乡，又怎有其他办法可以相助学生？也只好对他安慰道：“这样想来，也是老师料事不周，诂经精舍这些年，都是因我在此，方得维系，以后我不在杭州，可是多苦了你们了。”
“老师这说得是什么话？学生倒是隐隐有种感觉，或许老师以后，还会再来杭州呢。”许宗彦笑道：“至于其他，老师也无需担忧，福儿的事，能与老师成秦晋之好，是学生的荣幸才是。”原来，在此之前，阮元一家便已经和许宗彦、梁德绳夫妇将阮福婚事商议完毕，许梁二人并无异议，两家已在口头上有了约定，只是阮福和许延锦年纪都小，所以两家人也都仅有初约，并未行三书六礼之仪。
“积卿，这些都好说，其实我想着，你毕竟也做过两年官，抚院庶务，你也间有参与，我和清中丞也说起过你的事，若他有不决之处，还望你多能相助。”阮元也对许宗彦谢道。
梁德绳也找到了孔璐华，看她已经临产，只得坐在车中不动，便也安慰她道：“妹妹这次归家，可千万不要过度悲伤，你这孩子我看着，不过一个月也就要生了，可得好好安养才是。我这里也给你备了些安胎补药，妹妹这一路上，切莫忘了按时服下，老先生若是在天有灵，也定是希望这个孩子平安降世的啊？”
“嗯，谢谢楚生姐姐，我……我都清楚的。”孔璐华也点头道。
“阮大人，在下看来，今日前来相送之人，却也不少了。”吴康成看着阮元一家与学生交待已毕，也上前补充道：“怎么，大人就不想与这些百姓说上几句？他们好不容易来送您一次，总也不想就这样看着大人径自离去，对他们不管不顾啊？”
“如此也好。”阮元点了点头，看着围观百姓神色，果然大多诚恳，看来自己抚浙六年，也终于做到了深得民心。便朗声对面前百姓道：“今日各位能来送我，我实是感激不尽，但若是各位以为我尚是这浙江巡抚，想要下拜于我，那就大可不必了。现下我已辞去巡抚之职，不过与各位一般，也只是寻常百姓罢了，其他礼数，就请各位免了吧。说句实话，六年前我南下杭州之时，并未在地方任过藩臬道府之职，那个时候也是每日担忧，生怕办错了事，不仅未能解诸位之困，反倒给这杭州带来不便。所幸我身旁，还有这一群愿意真心助我之人，我等群策群力，才总算让这杭州城平安了六年。各位平日能够安居，便是我之大幸，说到底，还是我应该感谢你们才是！”说罢，也面向围观百姓最多之处，郑重为各人做了一揖。
“只是可惜啊。”说着，阮元也不禁叹道：“我终是德薄才浅，六年过来，竟不得上天恩佑，这才六年的工夫啊，竟然出了三年雨灾一年水灾。我与所有抚院下属，已经竭力相救，可即便如此，今年粮价高涨，却也是降不下来了，再降，就对不起那些从事耕桑的百姓了。是我才疏学浅，想不出更好的办法，来帮助大家摆脱雨灾之困，可各位今日仍然不弃于我，主动前来相送，是我阮元愧对大家！我此番离去，已经将待办之事一一交托于新任巡抚清大人，清中丞办事得力，从来可以依靠，就请各位放心吧。我这一去，别无所求，也惟愿各位从此得享丰年，长相安乐！”接着，阮元再次成揖，又对百姓们施了一礼。
面前百姓看着阮元如此诚恳，又怎能不为所动？一时阮元面前之人，也纷纷对阮元还礼劝慰：
“阮大人，您在浙江这些年，办了多少好事，咱们还不知道吗？不说别的，就说那普济堂，我前年潦倒之时，还多亏尊夫人在普济堂给了我一件棉衣呢。就凭大人一家对我的救命之恩，我怎么能说大人的不是呢？”
“阮大人，这些年您为了救灾，每年都捐了不少钱，我们都听说了，您出钱修了杭州水道，以后城里再不会闹雨灾了，可您自己的抚院却没钱去修。您这般为了我们，我们怎么能因为天灾之故，就来怪罪您呢？”
“是啊，以前咱们临安县每年都要征一笔银子，说是什么海塘帮办，大人来了以后，这钱我再也不用交了，大人解了我们县帮办之人长年劳困，我们当然要感谢大人啊？”
“大人，我就是个做小买卖的，以前走北新关，哪怕多带个包袱，都要收过关钱，大人来了以后，这几年北新关再也不乱收钱了，我高兴还来不及呢。今年灾情是重了些，可我乡下的亲戚也都告诉我了，他们那里，每天都有粥喝，从来没人敢克扣赈粮，这要是赶上以前那些巡抚啊，早就饿死人了！”
“大人，我也是跑生意的，我苏州有个亲戚听了大人的事，还在抱怨呢，说若大人不是江苏人该有多好。这样，大人就能做江苏巡抚，让他也过些安心日子了。”
“大人，我听说就算夏禹商汤这样的圣君，在位时都有水灾旱灾呢，可见这有没有灾，跟大人德行根本就没关系！其实咱们也不是怕有这些灾祸，咱们真正怕的，是这天灾来了，做官的却对我们不管不顾啊？可大人不一样，有大人在咱杭州坐着，咱们就知道，这雨灾再大，咱们也都能熬过去！”
“是啊阮大人，我们是真的舍不得您走啊……”
一时之间，百姓中稍有见识之人，也都上前劝慰着阮元。甚至阮元目光探过之处，几处人群中人影攒动，似乎果然还是有百姓感念自己恩德，为自己跪了下来。
“我……那我也谢过各位了！”阮元看着这番景象，心中也是激动不已，便又双手成揖，向各人拜过了。随后，阮家之人也一一登船，在一片不舍之情中，眼看舟楫晃动，武林门、杭州城、西湖渐渐变成了远方的景色。而送行百姓也直到阮元一行的坐船完全消失在视野之内，才逐渐离开了码头。
阮元坐船北上之后，很快便到了镇江，渡过长江，便是扬州，阮元想着父亲临终交待自己杨吉之事，便也问过杨吉是否愿意回乡探亲。杨吉想着扬州多半暂无要事，又兼离家二十载，总是也有了些留恋之情，也同意了阮元的建议，约定在镇江与阮家暂时分别，西进湖广去了，若是大菁寨一切太平，自己一年之后，再回扬州与阮元相见。
过江之后一日，阮家人便回到了扬州，七月之末，孔璐华在悉心调养之下，也顺利诞下一子。阮元本想着从“福”、“祜”二字，将孩子取名为阮祎，但看着孔璐华连续经历父丧怀胎，一时神情憔悴，自也是说不出的怜惜，便改了主意，将自己阮姓与孔璐华的孔姓相合，给孩子改名为阮孔厚。
如此又过了两个多月，孔璐华经过安心将养，直到入冬前方才康复，阮元也一边陪着妻子，一边将阮承信灵柩迁到雷塘，与母亲林氏合葬。自己则在雷塘祖墓之畔建了一座墓庐，准备等孔璐华康复之后，便自己前往墓庐守丧，成人子尽孝之仪。一时之间，阮家倒也无甚要事。