眼看阮常生在京城主稿办事，皆有能名，想来逐步升迁应该不难，虽说阮常生出身恩荫，功名与进士相比略有不足，但有清一朝，以恩荫入仕显名，终至疆臣枢辅之人亦多有实例，所以阮元对这个长子还是颇为放心。而这时的广州，阮元却也遇到了另一个难题。方东树经过数月准备，这日在督院幕中，正式开始了他对江藩的挑战。
“江郑堂，你且与我说清楚，你这《宋学渊源记》，是不是你有意贬抑宋学之言？”方东树率先发言道：“你这书中所载宋学诸人，就算在我等研习宋学同好之中，大多也是声名不著，国朝精于宋学的前辈，如李文贞公、熊文端公、汤文正公，俱有宋学著作流传，可你这书中，为何对他三人竟不予列传？”方东树所言三人，乃是清初康熙朝理学名家李光地、熊赐履和汤斌，三人各有专著，又是清初身居高位之重臣，是以方东树率先以其三人之事发问。
“植之，你且看我这汉学一书与宋学一书，其间所录之人，身份大体相同，不都是官位不足，潜心治学之人吗？你所言李文贞公、汤文正公诸人，本身在国朝便已经位列卿相，他们自然会有国史为之作传，又何须我多此一举呢？难道国史对他三人的评价，不比我这一册私史更加公允吗？所以植之，你以此三公之事诘难于我，有何意义啊？”江藩对此早有准备，当即向方东树反驳道。
“那我再问你，我同郡望溪先生，他为官仅至侍郎，以后国朝未必便有国史作传，海峰先生仅为副榜，惜抱先生只做过司官，他三人并非你所言卿相，正需要国朝精研宋学之人为之成传，可你这一书之中，对他三人又是全无一语。你书中钱大昕任官已至四品，高于惜抱先生，钱大昕尚有列传，为何惜抱先生之传，你竟全然不屑一顾？！”方东树依然不屈不挠，继续向江藩质问道。
“厚民先生，这方先生所言之人，我……我怎么都没听说过啊？之前听各位先生讲论经学，也没有人提及他所言之人啊？”二人辩论之际，台下也已是议论纷纷，萧令裕听着方东树所言之人，竟似全然与己无干，便向一旁的严杰问道。
“这……其实我初次见到植之的时候，也是这种感觉。他名气在江南确实不小，可是和我们却从来没有干系。如今想来，这当是汉学与宋学之别了。”严杰也只得向萧令裕解释道：“乾隆之中，松崖先生，东原先生昌明汉学，有了后日所谓‘吴派’、‘皖派’之分，阮宫保与皖派中的次仲先生是旧友，和扬州早年的前辈汪容甫先生是同学，所以学行近于皖派。当然了，宫保与京中伯申先生，多有推陈出新之举，所以也有人说，宫保乃是‘扬派’之首。郑堂先生和渊如先生，学问则近于吴派。总之无论吴派、皖派还是扬派，都认为通经之道，在于训诂，由训诂入经典，方能求圣贤本意，这就是所谓‘汉学’了。”
“但你也应该清楚，国朝所标榜之学，其实一直并非汉学，乃是程朱之学啊？而国朝自李文贞、汤文正以下，也同样有许多人坚守宋学之道，植之方才说的望溪先生名为方苞，海峰先生名为刘大櫆，惜抱先生就是植之恩师，姚鼐姚先生了。正因为他们治学之法与我们全然不同，所以即便我先前已闻其名，却依然觉得……有些陌生。他们几个都是宋学后进，多有著述不说，于文论之上，与宫保、郑堂先生亦有不同，他们行文之道，仍是以散文为本，外人称之为‘桐城派’。但宫保近日之文却言及，六朝骈文沉思翰藻，韵律悠长，实为真正的‘文’，而八家散文，多平直无韵，便只可称之为‘笔’。你看，这文笔之辨，汉宋之别，可是个难题啊？我不担心植之与郑堂辩论，却只担心，植之他一旦气盛，竟连宫保的面子都不顾了啊？”
“也就是说……宫保与植之先生，治学行文之道，是完全相反的不成？”萧令裕不禁向严杰问道。
“也不能说完全相反，但是基础不同。宫保散文之作一样不少，哪一篇写得差了？宫保治经之语，一样多有义理之辨，这不是宋学之所长吗？只是宫保一向认为，文笔有高下，训诂义理有先后，而方植之所认定的高下先后，和宫保不一样啊。”严杰一边解释着，一边也不禁忧心道：“只是植之这个脾气，你现在让他怎么和宫保讲理呢？”
只听得这时江藩继续向方东树辩道：“植之，你所言望溪先生，多有治国论世之言，国史怎能没有列传？至于你所言刘海峰、姚惜抱，他们书作我没见过，妄自定论，岂不是主观臆断啊？”
“妄自定论？借口，你这些都是借口！”方东树听着江藩之语，当即向他反驳道：“你汉学之书成书八卷，自亭林梨洲而至江永钱大昕，俱有论述，你那时候不担心主观臆断，到了宋学这里，开始说什么主观臆断？你就是瞧不起我等宋学前辈，是以有意贬抑我桐城先贤，究其根本，你这是在亵渎先圣，你是想毁灭濂洛关闽以来，千载复振之圣道！”
“方植之，所谓圣道本在孔孟，与濂洛关闽之学何干？若是两宋没有濂洛关闽之言，而是直接承继亭林、梨洲、松崖、东原各位前辈，儒学只会比今日更加昌盛！”江藩素来瞧不起宋学诸家，便当即反驳道：“濂洛关闽，徒言性理之学，可究其根本，这性字与理字，他五人竟是全然不知其本意。最终以儒入释，颠倒儒家先贤原意，终致圣学沦为空言，束书不读者往往大行其是，你所言如此颠倒之圣道，纵使兴盛，又有何益？！”
“一派胡言，濂洛关闽性理之言，乃是万世不易之至论！却如何到了你口中，竟成了颠倒先贤之意了？”方东树素来景仰宋学前贤，这时听江藩言语处处针对，当即向他斥道。
“植之啊，这件事若是多能研读古籍，辨别源流，你应该看得清楚啊？”方东树却没有想到，这时竟是阮元主动开口，为江藩解释道：“就以这‘性’之一字而言，秦汉古籍言性者甚多，总而言之，当是‘血气心智’四个字。可佛典之中，却另有一物，概括而言，此物成于人未生之初，虚灵圆净，光明寂照，人受之以生，若为嗜欲所昏，则需静身养心，方可见其本来面目。彼时初译佛典，晋宋姚秦之人不知如何翻译此物，方才借用了古籍中的‘性’字代指此事。如此可见，儒家之性，与佛家之性截然不同，儒家之性，乃是人生后所具，不在人出生之前，自然也不需要再去见什么本来面目。佛家言性，则曰虚灵寂照之语，必静身养心方可求得，进而论之，便是天理人欲之辨。由此可见，程朱宋学言性，其实是将佛家之性错当成了儒家之性，既然如此，那我等汉学之人，将儒家之性回归本源，不是正好彰显了‘性’之一字的本意吗？是以于性字而言，但言节性便可，却并非绝欲啊？”
“宫保所言甚是，这性字之辨，宫保已有定论，而这‘理’字之别，东原先生也早有论述。”江藩也继续向方东树道：“东原先生言理，曰本系腠理、文理之言，本出于事物之别。能分辨事物之别，看清事务本质，方才可谓知理，濂洛关闽之学，却将求理之法颠倒过来，认为天理本在心中，那试问人所听声音，是声音本在心中，人随后听闻方才发觉，还是人心中本无声音，唯系听闻方有所得呢？若是声音、气味一概皆系后天所得，那为何天理偏偏是颠倒的，竟而先存于人心之中啊？”
“哼，戴震一派胡言，肆意贬斥先贤，湮灭圣道，他罪不容诛！在我看来，似戴震这般颠倒是非之人，比起那亡国奸佞，更加可恨十倍！”不想方东树听了江藩转引戴震之语，竟是勃然大怒，当即向江藩骂道：“戴震天性愚蠢，不能观天理之流传，只知道拿着古书照本宣科，所以才会将天理之语，一律视为庸俗，竟与那猪狗之凑理，豺狼之纹理相提并论。这肌肉之有腠理，豺狼虎豹之有纹理，本就是天理之所在，又何需他戴震再来多言？这天理本就与那纹理腠理有高下之别，怎么可以一概而论？你等受戴震愚昧之言，甘视天理为庸下，此人之论，流毒深远啊！”
“一派胡言，你竟敢污蔑东原先生！”阮元幕中之人，大多皆是研习汉学出身，视戴震为前贤，这时听得方东树言语对戴震颇为不敬，已有几个性情急躁之人，当即出言相斥。
“植之，你这样说就过分了啊？”阮元少年时也曾和戴震有过一面之缘，后来更是在汪中、钱大昕、凌廷堪诸前辈引领之下，集汉学之大成，甚至这时已经有人将阮元、王引之等人视为全新的“扬州学派”，视阮元为新派之首。是以阮元听着方东树言语不逊，也当即反驳他道：“东原先生言理之语，具载于其《孟子字义疏证》之内，凡有议论，无不是引经据典，让人信服。那植之，你的理论依据又在哪里？你所谓天理之理，远在纹理腠理之上，你总要有个依据，大家才会相信你所言为真啊？”
“天理之道，本就是超然人上，人不可见之物，需得格物致知，方能通明天理。戴震不言格物，唯求训诂，非要将这不可见之物与可见之物等而言之，这怎么不是落了下乘？”方东树犹自不服道。
“植之，这不可见之物，虚无缥缈，又怎能如可见之物一般清楚明白呢？我等格物也好，治学也好，总要把可见之物弄明白，才能够言及不可见之物啊？否则你我各执一词，你说你所言是天理，我说我之言是天理，这上天也没办法给我们做个公断，说清楚你我究竟谁才是真正明白天理之人啊？所以我倒是认为，你言及天理也好，人性也好，总要有个依据，大家才看得清楚啊？”阮元听着方东树之语与自己所知截然相反，不觉间竟也和他辩论了起来。
“阮总制，我明白了，我全明白了。”不想方东树看到阮元不仅没有居中调解二人，反而主动相助江藩，竟是露出了一丝冷笑，转而向阮元道：“我终于明白他江藩一个连举人功名都没有的儒生，究竟是谁给他了这般勇气，竟而非圣无法，诋毁程朱前贤！是你啊，就是你纵容这些纷乱圣道之人，在此猖獗如斯！阮总制，我来你幕中为客，原也是想着你作《儒林传稿》之时，能持汉宋之平，我想着你应当可以包容宋学，使宋学进一步发扬光大，如今看来，你袒汉抑宋，简直心口不一！若是你继续这般纵容汉学之辈诋毁程朱，只怕日后这天下士人，将尽数为你所误！”
“植之，你这番话就过分了吧？”阮元听着方东树贬斥自己，心中自也有些恼怒，便向他道：“我学行之要，本于汉学，但我亦知宋学多有可取之处，是以我以汉学为本，进而兼容宋学。我自觉一生行止，便是如此，却为何到了你这里，我就成了贬抑宋学之人啊？若是你觉得我有些涉及宋学之语与你不同，这难道不是常见之事吗？汉宋之学本就有些议题截然相反，难道这些截然相反之处，我还要依从宋学之论，你才能满意吗？”
“你说你兼容宋学，那你自己出去看看广州书肆，为什么我连一套《朱子大全》都见不到，而随便一处书摊之上，都在向我推荐你等汉学之人尊崇的那部《说文解字》？！你等汉学之人那等猥鄙心思，我还看不出来吗？你们说是什么实事求是，反躬于圣道，实际上就是对我濂洛关闽诸位先贤心怀不满，想要污蔑列位先贤，然后取而代之！”方东树眼看阮元似乎已经被自己激怒，却丝毫不知退缩，反而更进一步，向阮元挑战道：“也罢，我知道，这江藩狂悖之语，皆有你在他身后背书，那我与他辩论也没什么用了。我只向总制挑战一次，阮总制，你可有闲暇之时，愿意与我方某择地一较高下？我方某会让总制知道，汉学宋学，何为正道，何为歧途！”
“好啊，既然你愿意与我相辩，那我也不客气了，你且自回去再准备一番，若是你以为自己准备充分了，只管过来找我。我也不用总督身份，只作为一届经生与你相辩，如何？”阮元对汉学一直坚信不疑，这时听得方东树百般折辱于汉学中人，自然不愿就此善罢甘休，心中激动之下，竟同意了方东树的挑战之语。
阮元幕中众人眼见方东树身为阮元幕僚，竟然以客犯主，直接挑战阮元，而阮元却也宽和，对方东树并无贬斥之语，还接受了挑战，一时也是议论纷纷。多数幕僚认为，方东树此举乃是蚍蜉撼树，最后只会白费力气。
但也有严杰等一二久经论辩之人，一时间忧心不已，担心二人的论辩竟会不可收拾。