改革宗室的变法尘埃尚未落定，朝廷又颁《编户齐民令》，拉开了全国新造黄册工作的序幕。
户贴黄册的重新编制，为整个变法的基础性工作，这项工作的成败直接关系到后续变法的效果。
因此，在万历五年下发的变法大诏中，对于编户贴这项工作直接写清楚了违法后果：“凡官吏、里甲通同人户隐瞒作弊，不行明白推行过割，一概影射减除余粮者，一体处死。隐瞒人户，家长处死，人口流边。”
大诏的宣贯过程中，这血淋淋的警告已经开始起作用：万历五年，各府、州、县地方政府在上报本地基础黄册的时候，将土豪劣绅明睁眼漏隐瞒户口的情况进行了全力弥补——结果造成上缴表格前后说不上话，逻辑关系无法解释的占了九成还多。
这逻辑不通的统计表格当然不能上报朝廷，结果导致很多府衙在万历五年十二月的时候连续通宵加班，好多知府带着县令们陪着户房胥吏一直干到大年三十，才勉强交了差。
因大诏说“以万历五年黄册为本”，也有的糊涂地方官被胥吏糊弄，在上缴的黄册上反向操作，导致当地万历五年的赋税基础不升反降。
这些求仁得仁的胥吏和糊涂官儿在万历六年大部分都得到了清算，朝廷继万历五年张文明案杀得手软之后，万历六年秋天，成千上万在基础黄册上做手脚的胥吏被干净利落“一体处死”，而串通他们隐瞒户口的大户，“家长处死，人口流边”。那些糊涂官儿能解释清的能得到免职待遇，解释不清楚的，也要到刑场走一遭。
随着《编户齐民令》的逐步落实，东北、海南等地，很多被张文明案牵连的流放家庭，发现自家又有了好多新邻居。而天下十七省的巡抚衙门里，编户钦差的王命旗牌之下，杀得人头滚滚，钦差们心理也逐渐扭曲，在民间传说中个个都如同地狱中爬出来的恶鬼一般。
这些恶鬼和监视他们的锦衣卫，身后还有一双双布置在各地的暗子和明面上的巡视钦差瞪着通红的眼珠子盯着，“人情社会”、“官官相护”这些潜规则在《编户齐民令》下都不好使，因为皇帝不再给他们犯错、辩解的机会，无论是谁，只要沾上了《编户齐民令》的边，吃饭家伙就要换个地方呆着。
变法开始了！尽管老百姓还呆在信息传递极其缓慢的社会，但每个人都能感到变法带来的变化。很多贫民发现自家身边的大户被锦衣卫带走后，很快就能在县城城门上找到他的人头，而伴随着屠戮的，则是这家田地换了新的主人——大多是从缅甸、九边返回的军功地主。
整个帝国从南到北，田连阡陌的情况越来越少，很多挂靠在地主豪绅之家的“仆役”，摇身一变又变成了小地主，他们还从事着原来的种地工作，但是家中门上都挂上一个小牌子：“某省、某府、某县、某村、某人，户口编号*******”，和自家门上挂的牌牌一样。
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随着各项改革伴在万历六年全面铺开，朱翊钧忙的脚打后脑勺。万历六年八月，吕调阳因年迈乞骸骨，以光禄大夫、柱国、少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士的官衔退休并授一等伯爵，驰驿。
吕调阳是朝廷改了爵法之后，第一位被册封的文臣，以伯爵的仪制回乡之后，他的身份不再是民，而是勋贵。
尽管这伯爵不世袭，爵禄只发到吕调阳去世，但对他来说，仍属于超级光宗耀祖的体面。因为新法规定，对于在任期间工作平平的，在同级爵位中选低等授之。吕调阳能得一等伯爵，说明他的工作能力和操守得到了皇帝的肯定。
吕调阳一身正气，“门无私谒”——换句话来说，他从不以权谋私，也不拉帮结派，具有很高的政治智慧。在严嵩当政期间，因为吕调阳的滑不留手，严党也拿他没什么办法。
吕调阳历经三朝，虽然没有主导过大政，但作为一个执行力很强的人，在大辅助方面具有很强的能力。而且他性格冲和，有成绩从不炫耀，也不愿意听别人对他歌功颂德。被评价为：“所树惟恐见知，所急惟恐见德。”
因此，作为新法出台后，第一个被册封的高官，朝野上下也非常关注皇帝会给予吕调阳何种评价。因为他的性格导致其政绩不显，所谓“人故无所藉以颂公”，因此很多人觉得吕调阳可能会以二等伯致仕。
没想到皇帝给予吕调阳的册封诏书中，对其作出极高的评价：“该员质行多长厚，断断乎有古大臣之风。”，认为他是当代的丙吉，“在汉丙吉，今也则吕调阳也。”
吕调阳一方面是因为身体确实支撑不住，另一方面对于疾风骤雨般的变法改革，也有些畏难之意，才上疏坚决求去。
结果接到皇帝的册封诏书后，吕调阳这个十分重视自身道德修养的人竟愧而难当，上疏做了自我批评，坚决固辞一等伯之赏。朱翊钧召他入宫，反复抚慰后，他才放下心理负担，谢恩返乡。
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因为变法摊子铺的很大，吕调阳致仕后，潘晟、马志强先后以礼部尚书、吏部侍郎衔直入内阁。申时行、余有丁分别接任二人职务。
虽然王国光离首辅只有一个身位，但他老色胚本性难改，刚解除了戴罪图功的处分，立即大肆操办，半个月内一口气连续娶了两个小姑娘做如夫人，被御史和给事中弹劾的满头大包。其人品再次受到了强烈的质疑，节操也摔个稀碎。
如此一来，张四维已成为最有希望接替张居正的阁臣。而且他执行朱翊钧旨意尽心尽力，从不打折扣，因此朝野判断张四维简在帝心，张居正两届总理大臣后，张四维最有希望接任。
万历六年年底，全国的黄册、户贴编制的第一步“摸底调查”完成，初步统计出全国人口一亿四千万以上，接近万历五年黄册数据的一倍——若没有大诏发布之后的急就章补报，可能会达到一倍半这个令人瞠目结舌的差距。
在帝国北方，严重的隐户问题充分暴露。主要原因为存在大量的宗室和各地卫所的腐败，大量破产之民或托庇于各大王府，或在卫所成为半农奴——导致长期以来大量人口没有被纳入统计范围。
在帝国南方，男女人口比例失调则更加严重。明代中叶以后，贫富差距急速拉大，大量自耕农陷入贫困之后，因为“重男轻女”传统观念影响，为了保住香火传承，在男女不能同时抚育的情况下，往往优先保存男孩，将女孩溺杀或者养几年之后发卖。
到了嘉靖末期和隆庆时期，在南方部分地区，已经发展到“生男为荣、生女为耻”的地步，即便是富有家庭，也把女儿视为赔钱货、外家人。
在浙江，绍兴府、宁波府、台州府、永康县、温州府和严州府等多地，因为“嫁娶尚奢侈”给百姓带来了极大的负担，导致溺杀女婴成为一种司空见惯的风俗。
除了浙江，此际的南直隶、福建、湖广、扬州府、江西吉安一带，也存在大量溺杀女婴现象，比之浙江不遑多让。
溺杀女婴的陋习的普遍流行，导致帝国南方人口出生率的降低——这与整个帝国南方负担帝国赋税的比例是正相关的，也是经济基础折射到社会关系上的一种反映。
此前，面对如是陋习，朱翊钧也多次下旨，要求地方官移风易俗，用各种手段遏制嫁娶奢侈、溺杀女婴的歪风。但是，溺婴从本质上来说是经济问题，更是贫富差距和经济结构失调导致的社会问题，光禁止嫁娶奢侈并不能从根源上予以解决。而且，对于打击溺杀女婴的官府来说，此际新生儿的高死亡率让他们近乎无法取证，只能每年抓些典型——于大势根本无补。
现在，被统计上来的黄册触目惊心的揭露出来一个事实，整个帝国南方的男女比例达到了惊人的1.5:1，乘以八千万人口，男性比女性多出一千六百万，意味着近千万适龄男子处在无法娶妻的状态，这将对整个社会经济造成巨大阻碍。