奇太妃在西苑百禄宫殿顶塌陷中罹难，在朝廷中引起轩然大波。朱衡当日跪在百禄宫门外，未获太后和皇帝召见。
张居正面圣后，让朱衡自行回部，自请处分。朱衡性格强硬，常与张居正相争，不为张居正所喜。万历元年，杨博辞吏部尚书，葛守礼和朱衡一主一副，拟于廷推时夺得此位，却被张居正联合王瀚击败。
此次西苑修造腐败案发，张居正欲借此机会，将朱衡赶出朝廷。因此在面见朱翊钧时，无一句缓颊之语。
朱衡擅长水利，但其观点长期与治河专家潘季驯不合。嘉靖四十五年、隆庆元年两次在治理黄河事务上，与潘季驯水火不容。
潘季驯的治河理念为“束水攻沙”和“蓄清刷浑”，以清竣河道，根治漕运壅塞为主；朱衡的理念为“改旧为新”，以新开河道，力保漕运为主。
两人在治河理念上的龌龊，逐渐演化为互相攻讦，并分头向朝廷上报自己的治河方案。朱衡连续两次在朝廷中把潘季驯击败，获得治河的主导权，并因治河保漕之功升工部尚书，潘季驯作为朱衡的副手，也跟着升了级，后来丁忧回家。
隆庆四年，黄河决于邳州、睢宁，潘季驯丁忧起复后总理河道，堵住了缺口。朝廷尚未赏功，因运输船只漂没事故，被勘河给事中雒遵弹劾罢官。
在隆庆初期，张居正曾经支持朱衡的治河理念。但隆庆四年的黄河大决口，大大动摇了张居正。
此后几年，因朱衡在朝中多次与他唱反调，张居正在万历元年初期又向潘季驯伸出援手，拟起复潘季驯总理河道，被朱衡杯葛而失败。
朱翊钧逐步掌权后，张居正向朱翊钧推荐了潘季驯。后世之历史爱好者，还有不知道潘季驯鼎鼎大名的吗？朱翊钧本拟立即启用潘季驯，但又改了主意。
他嘱咐张居正拨朱时泰贿银五千，令潘季驯组织团队，在黄河、淮河和运河整个流域进行调研，通盘考虑治黄、治淮、保运、保祖陵、保民生五个方面，并拿出全面的治理方案。凝萃殿案发时，潘季驯还在泗州洪泽湖附近调研呢。
西苑腐败案发，朝中科道群起而攻朱衡，张居正也无保衡之心，他不安其位，于万历二年四月初连续上书请辞，朱翊钧未按惯例加官，也未准驰驿，直接罢其官。
朱衡收拾行囊，灰溜溜的离开了京师，户部侍郎郭朝宾接工部尚书。
西苑腐败案造成太妃薨逝，震动京师。朝廷为平息舆论，免尚书、并判工部员外郎杨松绞刑。工部涉案的官员、差役四十多人三司会审后，一体被判斩首、抄家，其余三十多人抄家、流放。
因直殿监少监王利受贿，置主上安危于不顾。东厂取得口供第三天，朱翊钧未经三司会审，直接判其剐刑，并责令少监以上的各司、监首领观刑。
直殿监首领殷祥监管不力，且有受贿事，发孝陵。其余与西苑宫室建设有关的直殿监人等，或杀或逐。
一番大砍大杀，宫内宫外震怖。朱翊钧正月大阅，斩杀勋贵数名，部分勋贵还以为是皇帝恶了勋家。
此次看见了王利、杨松等的下场，不光是勋贵，连同朝臣、百姓都知道，这皇帝是个杀星下凡。
虽未像太祖、成祖那般迭兴大案，但万历二年春天还没过，这杀掉的人头筑个小京观都够了。
一时之间，天下万马齐喑。去年还磕磕绊绊的考成之法得以彻底贯彻，各部、司将自家的五年规划和万历二年的本年任务齐齐调高了一截。
万历二年四月初一，葛守礼不再抱病，上班第一件事即上疏奏请兴革都察院。
张居正贴黄“请圣裁”，朱翊钧批红“可”，并令葛守礼将兴革方案细化复奏。随后，令御史、科道滋味难明的圣旨下来，将都察院大作兴革。
......
明太祖出身贫苦，对元末的腐败现象刻骨铭心。建极以后，以重典治世，建立了有史以来最严密的巡视监察网络。而都察院，就是这巡视、监察网络的核心。
都察院的职能分为内职掌、外职掌和地方上的按察司。
内职掌掌管两京刷卷、巡视京营、巡视京师仓储、皇城、五城兵马司等。
外职掌即为出巡御史，分为专差和巡按两大类，主责巡视地方，有“大事奏请，小事立断”之权。
按察司为地方固定的监察机关，除南京外，设立十三道按察司。按察使和布政使、都司并为本省三巨头，主管一省刑名按察之事。
朱元璋的本意是地方监察加上中央巡查，以都察院为核心构建全国反腐、监察体系，永葆大明无贪腐之弊。然而，事与愿违，明中期以后，都察院已经因为其体制和整体吏治腐化的原因，基本上失去了反腐监察之能，其中重要原因是体制弊病。
明制，左都御史虽然为都察院首脑，但其对监察御史并无任免之权，只有分派任务之权。
监察御史巡视之后，其奏章左都御史不得与闻。此法为养台谏独立办案之风气，并壮其风骨。
这种体制初期确实养出了很多国尔忘家、忠而忘身之台谏，但随着时间流逝，台谏之地已成升官捷径。台谏之官各有恩主，内职掌成为朝中大臣豢养的打手和争权夺利的工具；外职掌成为借天子之威，滋扰地方的贪官；地方按察司更不用说，成了冤假错案集中的渊薮。
《明史》中评论居京师之台谏云：“居言路者，各有所主。故其时，不患其不言，而患其言之冗漫无当，与其心之不能无私。言愈多，而国事愈淆乱也。”
至于外职掌之专差和巡按，明中期以后地方官接受巡视，即自备“谢荐金”，竟成惯例。
外职掌的御史官员以“谢荐金”之多寡来写巡视、查案报告——不仅催化了腐败，更成为祸乱吏治之由。
针对这些弊端，此次都察院的兴革，虽仍设左都御史、右都御史，副左右都御史、佥都御史和十三道。但责、权发生了巨大变化。
之一，将御史的人员扩编，改每道设一名、两名专责御史之旧规，每道设八到十人专责御史，并设佥都御史正、副各一名。御史奏章必经正佥都御史签押方能上报，佥都御史为本道御史的纠核、巡视结果担责。
之二，改御史“风闻奏事”之旧规，分锦衣卫之一部为十三个稽查科，每科三十人。设于十三道御史之下。御史参核，必用锦衣卫稽查科查实证据，方能上报。
之三，改御史职责不清之旧规，各道御史均负责本道纠核、巡视事，不得越界。若收到其他道的线索或举报，准送左都御史，由其分派至该管的道核实调查。
之四，除左、右都御史外，共四名副左右都御史分管十三道，分管内容由左都御史决定。御史参奏报告，由副都御史签发才能成为奏章；这些人也要为奏章的正确性、真实性担责。
之五、右都御史独领监察道，监察都察院内部。各道御史若发现其他道或本道御史有违规行为的，可举报至右都御史。右都御史和监察道无权参与都察院其他事务。
之六、左都御史掌都察院，除右都御史外，对副都御史以下，有参劾之权。副都御使以下若被左都御史参劾，立罢。
之七，改御史必由三品以上高官举荐之旧规。从进士、待选之官中直选。都察院列出《大明律》、《宪纲总例》、《纠官邪规定》、《监官遵守条款》等十余本参考书，待选者通过法律考试，并经都察院副都御使以上集体面试即可担任御史。
此次都察院的兴革，现有台谏之官有喜有忧。一方面他们掌握了锦衣卫稽查科这一直属力量，在朝廷中地位一举超越各部，权力大增。
另一方面御史队伍的扩大和独立参劾权的丧失，降低了御史这一“清流华选”的含金量，断了他们以特殊地位谋私上进之途。综合而言，对都察院基层御史来说，锦衣卫的加入并未使他们感到兴奋，反而是独立性的丧失击中了他们软肋。
因此，虽然朱翊钧大砍大杀震慑了天下官、民，但以“硬骨头”著称的御史们，还是掀起了朱翊钧主政以来的第一股逆流。