自2000年之后每年夏天弗洛伦蒂诺都要买入一名超级巨星，这让一支本已经称霸欧洲的球队变成了令人难以置信的史上最豪华的的银河战舰，当俱乐部在2002年庆祝百年华诞的时候，他们和世界明星联队在伯纳乌踢了一场友谊赛。
2003年夏天贝克汉姆登上银河战舰。在弗洛伦蒂诺任职皇马主席期间，银河战舰凭借一系列的举措让皇马在2006年取代曼联成为世界上最富有的俱乐部。
然而随着银河战舰一代球星们年龄的增长，弗洛伦蒂诺齐达内+帕文的商业政策无法兼顾竞技和经济的致命缺欠开始显现，这位成功商人的皇马主席生涯终于走入了困境，大牌球星占据了太多的上场时间，使得俱乐部关于更衣室的传闻不断。
之后的2004~2005、2005~2006赛季，弗洛伦蒂诺继续引入迈克尔·欧文、卡萨诺、罗比尼奥、巴普蒂斯塔、卡纳瓦罗、范尼斯特鲁伊等球星，队里中层球员和年轻球员的流失却更加严重，但银河战舰依靠伟大球星们的表演依然能博得人们的注意。
2005年菲戈转会国际米兰；2月26日联赛落后巴塞罗那的积分达到十分；2月27日，弗洛伦蒂诺-佩雷斯宣布辞去主席一职。至此银河战舰的缔造者结束了对皇家马德里一千九百六十二天的统治。20062007赛季最终以一个联赛冠军结束了近六年的辉煌岁月。2006年世界杯之后，齐达内宣布挂靴，贝克汉姆、罗纳尔多、卡洛斯等巨星相继离开，银河战舰时代最终落下帷幕。
2006年7月4日五十五岁的拉蒙·卡尔德隆以许诺引进卡卡、罗本、法布雷加斯等新生代巨星为口号，当选皇马新一任主席，随后把金牌教练卡佩罗再次请回皇马，随之而来的还有卡纳瓦罗、埃莫森等心腹球员，同时皇马买入范尼斯特鲁伊、迪亚拉等实力派球员。
20062007赛季尽管做出了赛季中途清洗罗纳尔多、封杀贝克汉姆的举动，尽管球队踢法难看，尽管大半个赛季都落后于巴塞罗那，但被认为有九条命的卡佩罗最终不负所托，依靠主场二比零，客场三比三战胜巴塞罗那建立起来的血性，范尼斯特鲁伊最终以二十五个进球夺取西甲联赛金靴，而替补出场的大罗也发挥出色，屡屡有进球进账。
当然还有贝克汉姆，贝克汉姆的职业精神感动了卡佩罗，在连败比利亚雷亚尔和赫塔菲后，卡佩罗被迫解冻贝克汉姆，贝克汉姆不负众望在之后的比赛发挥出色，屡次救主。最终这艘星际巨舰连战连捷上演大逆转，艰难地再次捧得了联赛冠军。只可惜在最后一轮西甲中范尼斯特鲁伊由于受伤被换下，错失了和托蒂争夺欧洲金靴奖，那赛季托蒂在意甲打进二十六球。
赛季结束后贝克汉姆转战美国大联盟洛杉矶银河队，卡洛斯转会费内巴切队，银河战舰时代华丽谢幕。然而由于卡佩罗的足球哲学与西甲追求漂亮足球的踢法不相容，卡佩罗在率队夺冠后再次下台。
2007~2008赛季德国人舒斯特尔出任主帅。走了罗纳尔多、贝克汉姆、卡洛斯等人，皇马买进了罗本、斯内德、德伦特、梅策尔德和佩佩。依靠上赛季打下来的坚实基础，上半赛季，皇马以十六胜两平一负积五十分，有史以来半程最高分纪录成为半程冠军，凭借着这个基础，皇马提前四轮成功卫冕西甲冠军。同时皇马以总比分五比一双杀老对手巴塞罗那，并且在主场接受巴塞罗那列队欢迎冠军的仪式，而本场比赛皇马也四比一大胜巴塞罗那，巴塞罗那直到第八十六分钟才由亨利打进挽回颜面的一球，这是卡尔德隆当政两年半内最辉煌的时刻。
2008~2009赛季卡尔德隆时代积攒下的矛盾如火山般爆发：主席、主帅更迭，夏季的引援失败，球队高层混乱，球员伤病不断。这个赛季皇马不仅四大皆空，还相继被尤文、利物浦和巴萨双杀，联赛最后的五连败更是卡尔德隆乱政的直接后果。在安菲尔德的惨败延续了连续五年未能进入欧冠八强的尴尬纪录，那更是凸显了皇马和巴塞罗那的巨大差距。
在这个赛季死敌巴塞罗那获得了三冠王，而更让皇马球迷痛心的是，小猪施因斯泰格因为卡尔德隆而无法免费加盟。承诺的c罗、卡卡也没有兑现，最终卡尔德隆因暗中操纵选票的丑闻被迫下台，卡尔德隆时代也随着20082009赛季的黯淡被永久尘封。
在卡尔德隆在任的两年半时间里，皇马两夺联赛冠军，但在欧冠赛场却持续低迷。随后的赛季没有大牌巨星的皇家马德里，在联赛中跌跌撞撞，最终在赛季后一无所获。20082009赛季中期，卡尔德隆因舞弊被迫辞职，球队也从此离开了卡尔德隆统治的时代。
西班牙豪门皇家马德里前主席弗洛伦蒂诺召开新闻发布会，正式宣布将参加2009年夏天的皇马主席大选，2006年离开之后银河战舰的缔造者出现在全世界球迷的面前宣布：他将参加6月14日举行的皇马俱乐部主席选举。
2009年6月1日曾经的银河战舰的缔造者弗洛伦蒂诺·佩雷斯复辟成功，并致力于打造银河战舰二代。2009年的夏天皇马斥资二点五亿欧元买入了十名球员。
其中包括20062007年的欧冠最佳射手、金球奖得主、世界足球先生卡卡，2008年的欧冠最佳射手、金球奖得主、世界足球先生克里斯蒂亚诺·罗纳尔多，法国足球先生本泽马等等。但是银河战舰ii在第一年并没有取得弗洛伦蒂诺预想中的成功，拥有数位巨星的皇马并没有因此而一帆风顺，反而在前进过程中艰辛万分，在国王杯上爆冷，在西甲赛场上创纪录的九十六分依然屈居亚军；在欧冠赛场更是被里昂击沉，因此主帅佩莱格里尼黯然下课。
而之后皇马也进入了一个新的时代。